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Der Fall der Zwölf Kolonien auch bekannt als Zylonenangriff oder Holocaust oder Zweiter Zylonenkrieg ist ein verheerender völkermordender Angriff der den Konflikt zwischen den Menschen der Zwölf Kolonien und ihren Kreationen den Zylonen wieder entzündet. Die Zylonen beeinträchtigten die koloniale Abwehr indem sie ihr Militär und ihre zivile Gesellschaft mit Modellen die aussehen wie Menschen infiltrierten. Eine solche Zylonin verführt eine Wissenschaftler und sagte ihm dass sie ein Industriespion sei deren Auftraggeber sich einen Vorteil bei einem wichtigen Rüstungsprojekt verschaffen wollte. In den nächsten zwei Jahren benutzte sie den Wissenschaftler um Zugang zu seiner Arbeit und zum Kolonialen Verteidigungsgroßrechner zu erlangen. Da sie viele seiner Algorithmen neu schrieb konnte sie seine Arbeit sabotieren und so unzählige Hintertüren in das Programm einbauen. Nachdem die Navigationsprogramm auf allen Schiffen der Kolonialflotte installiert wurde kehren die Zylonen nach 40 Jahren wieder zurück. Die Hintertüren im Navigationsprogramm ermöglichten es den Zylonen die betroffenen Schiffe weitgehend problemlos unter Kontrolle zu bekommen oder zumindest lahm zu legen. Auf diese Weise schafften es die Zylonen das gesamte koloniale Verteidigungsnetzwerk lahm zu legen ohne auch nur einen einzigen Schuss abzufeuern. Alle großen Kampfsterne erlitten eine abnormal hohe Zahl an Fehlfunktionen bis hin zu kompletten Stromausfällen. Die Infiltration der kolonialen Systeme zusammen mit dem überwältigenden Überraschungseffekt ermöglichte es den Zylonen die Kolonialflotte mit nur minimalen Verlusten zu vernichten und die Zwölf Kolonien zu verwüsten.